中小企業の移転価格税制｜「うちには関係ない」が一番危ないミス事例3選

「移転価格税制は、一部の大企業だけが考えればいい話」長らくそう思われてきました。

ところが近年、その常識は大きく変わりつつあります。海外に子会社を持つ中小企業に対しても、税務当局の監視の目が厳しくなってきているのです。

中小企業でも海外進出が当たり前になった今、海外に関連会社がある企業にとって、移転価格税制はもはや「無視できないテーマ」になっています。

この記事では、なぜ中小企業でも移転価格対応が必要なのか、実際にどのようなミスが起こりやすいのか、そしてどう備えればよいのかを、実務目線で具体的に解説していきます。

なお、本記事は2026年4月1日時点の関係法令等に基づき記載しております。

なぜ今、中小企業が移転価格税制に注意すべきなのか

移転価格税制をめぐる状況はこの数年変わってきました。

調査の対象が移り、中小企業でも指摘を受ける現実的な可能性が出てきています。まずは、注意が必要になった背景を5つの角度から整理します。

移転価格の税務調査は、大企業から中小企業へ移ってきている

かつて移転価格調査の中心は、売上高数百億円以上の大企業でした。

しかし、大企業に対する調査がほぼ一巡し、また移転価格課税のリスクを回避するために事前確認制度（APA）を積極的に活用するなどの対応が大きく進みました。その結果、大型事案は以前ほど多くは出てこなくなった、と言われています。

一方で、海外子会社との取引を行う中小企業への課税件数は、むしろ増加傾向にあります。大企業の調査が一段落し、当局の視線が中堅・中小企業に向いてきているというのが今の流れです。

そもそも移転価格対応が必要だと気づいていない中小企業が多い

中小企業の多くは、そもそも移転価格税制の対応が必要なことを認識していないということが非常に多いです。

• 海外の関係会社との仕入・販売価格を、なんとなく“キリのいい金額”で決めている
• 海外子会社への貸付金の利率を、根拠なく設定している
• 本来やり取りすべきロイヤルティやグループ内役務提供（IGS）の対価を、そもそも収受していない

こうしたケースがよく見られます。

ローカルファイルとは｜移転価格調査で提出を求められる書類

移転価格調査で自社の取引価格が適正だと説明するための書類が、いわゆるローカルファイル（独立企業間価格を算定するために必要と認められる書類）です。

同時文書化義務の「50億円・3億円」は適用免除の基準ではない

一定規模（一の国外関連者との前事業年度の棚卸資産取引等の金額が50億円以上、または無形資産取引が3億円以上）に達すると「同時文書化義務」が課され、確定申告期限まで（同時）にローカルファイルを作成・保存しなければなりません。

ここで誤解が多いのですが、この50億円・3億円という金額は、あくまで「同時文書化義務」の基準であって、移転価格税制そのものの適用を免除する基準ではありません。

取引規模がこれに満たない中小企業であっても、税務調査でローカルファイルに相当する書類の提出を求められることがあり、その場合は原則60日以内（同時文書化義務がある場合は45日以内）に提出しなければなりません。

期限内に提出できないと「推定課税」を受ける

そして、期限までに提出できなければ、税務当局は「推定課税」ができます。これは、類似する企業の利益率などを用いて当局側が一方的に所得を算定できるという、納税者にとって非常に不利な制度です。いざ調査となってから慌てて作っても間に合わない可能性が高く、事前の備えが欠かせません。

移転価格の専門ファーム報酬は数百万円規模になることも

では、ローカルファイルをきちんと作ればいいかというと、ここにもハードルがあります。移転価格の専門的な分析やローカルファイルの作成は、普段の顧問税理士ではなく、Big4をはじめとする専門ファームに依頼するのが一般的ですが、その報酬は決して安くありません。

移転価格に本格的に対応できる税理士はごく少数であり、希少性の高い専門領域です。そのため、会社規模などにもよりますが、最低でも数百万円規模の専門家報酬が必要になってきます。

指摘されると追徴課税と国際的二重課税がグループ全体に及ぶ

移転価格の指摘を受けると、追徴課税額が数千万円から数億円規模にのぼることもあります。

しかも厄介なのは、日本で「所得移転があった」と課税された金額が、相手国側では対応する調整（損金算入等）を受けられない場合があることです。

この場合、同じ所得に日本と相手国の双方で課税される「国際的二重課税」となり、グループ全体での税負担が大幅に跳ね上がってしまいます。相手国との相互協議（交渉）の道はありますが、相互協議は非常に狭き門です。

なお、海外で納めた税金を日本の法人税から差し引く外国税額控除も、二重課税を完全になくす制度ではありません。その仕組みと限界については、国際的二重課税と外国税額控除の仕組みで詳しく解説しています。

こうした事情から、海外子会社と取引のある中小企業にとって、移転価格税制の検討はもはや“必須”の状況になっています。

移転価格税制とは｜中小企業が押さえておくべき基礎

ここからは制度の中身に入ります。とはいえ、中小企業が実務で押さえておくべき論点は、それほど多くありません。「何のための制度か」「誰との取引が対象か」「どんな調査が来るのか」この3点を先に掴んでおくと、後述するミス事例の理解が進みます。

移転価格税制の仕組みと「独立企業間価格」

移転価格税制とは、ひとことで言えば、海外のグループ会社（国外関連者）との取引価格を通じて、所得が不当に国外へ移転することを防ぐための制度です。

グループ会社間の取引は、価格を自由に動かせてしまいます。たとえば海外子会社への販売価格を安くすれば、日本親会社の利益は減り、その分だけ海外子会社に利益が移ります。これを放置すると、税率の低い国へ意図的に利益を移すことができてしまうため、グループ会社間の取引であっても、第三者との取引と同じ価格（＝独立企業間価格）で行うことが求められる、というのが制度の趣旨です。

なお、税率の低い国へ所得を移すことへの対応としては、軽課税国の子会社の所得を日本で合算して課税する制度も別に設けられています。こちらも中小企業が対象になり得る税制です。詳しくは軽課税国への所得移転に対応するタックスヘイブン対策税制をご覧ください。

「国外関連者」とは｜株式50％以上でつながる海外子会社・兄弟会社

移転価格税制の対象となるのは、「国外関連者」との取引です。国外関連者とは、ざっくり言えば、株式の50％以上を直接・間接に保有し合っているなど、実質的に支配・被支配の関係にある外国法人を指します。典型的には海外子会社ですが、共通の親会社を通じてつながっている海外の兄弟会社なども含まれます。

中小企業が受けるのは「簡易な移転価格調査（簡易TP）」

中小企業が移転価格の観点で調査を受ける場合、その多くは国税局ではなく、税務署レベルで行われる調査です。これは通常の法人税調査と同時に行われ、調査日数にも制約があります。そのため、比較的短期間で終えられる論点が中心となり、これは実務上「簡易な移転価格調査（簡易TP）」と呼ばれています。

簡易TPで見られる3つの論点

簡易TPで主に見られるのは、次の3つです。

1. 海外子会社に対して、本来の業務に付随した役務提供を行った場合の対価の適否（例：技術者を派遣して技術支援を行ったのに対価を回収していない）
2. グループ内で、経営・財務・業務・事務管理上の役務提供（IGS）を行っている場合の対価の適否（例：親会社が子会社の経理・営業事務を担っているのに請求していない）
3. 海外子会社に対する貸付金の金利の適否（例：無利息や低すぎる金利で貸し付けている）

いずれも「大掛かりな利益配分の分析」というより、「本来もらうべき対価を、きちんともらっているか」を問う調査です。裏を返せば、中小企業でも十分に指摘され得る、身近な論点だということです。

中小企業で実際にあった移転価格のミス事例と対策

以下では、移転価格税制で実際によくあるミス事例と対策を見ていきましょう。いずれも簡易TPで問われる「本来もらうべき対価を、きちんともらっているか」という論点に対応しています。

事例1：海外子会社への技術支援｜間接費の配賦漏れで請求額が過少に

海外子会社の立ち上げや品質改善のために、親会社から技術者を出張させて技術支援を行ったケースです。対価は請求していたものの、出張旅費や本人の給与といった「直接費」だけを集計しており、間接費の配賦が漏れていたため、請求額が過少だと指摘されました。

「総原価」に含まれる費用の範囲

ここでポイントになるのが「総原価」という考え方です。役務提供の対価を算定するうえでの「総原価」には、その役務提供に直接かかった費用（直接費）だけでなく、合理的な配賦基準によって計算された、担当部門や補助部門の一般管理費等の間接費まで含まれます。想像以上に広い概念だと考えておく必要があります。

具体的には、たとえば次のような費用の合計となります。

【対策】請求フォーマットと出張報告書の整備

請求額算定の所定フォーマットを作成し、費用の集計漏れを防ぐ。 直接費・間接費を漏れなく拾える様式を整えておくことで、属人的なミスを防げます。

出張報告書等への記載を明確化する。 誰が・どの子会社に・何日間・どのような支援を行ったかを記録に残しておくことが、後の請求根拠になります。なお、出張費のすべてを子会社に請求すればよいわけではありません。親会社が自らのために行う品質確認や、株主としての立場で行う活動（いわゆる株主活動）などは、子会社に請求しなくてよいものもあります。ここの線引きは重要です。

余談ですが、筆者自身も事業会社の経理時代には、海外出張報告書を毎回チェックし、「これは子会社に請求すべき支援か、それとも親会社都合か」を確認していました。地道ですが、こうした積み重ねが調査での説明力につながります。

技術者派遣にかかった費用を子会社に請求しない場合の寄附金認定リスクや、出張報告書の作り方については、技術者派遣の費用負担と寄附金認定リスクで詳しく解説しています。

また、技術支援が長期化すると、現地で恒久的施設（PE）と認定され、移転価格とは別の課税を受けることがあります。こちらは出張者・出向者の派遣で生じるPE認定リスクをあわせてご確認ください。

事例2：親会社が経理・営業事務を代行｜IGS（グループ内役務提供）の請求漏れ

親会社が、海外子会社の経理業務や営業事務（取引先対応や請求書発行など）を代行しているにもかかわらず、その対価（グループ内役務提供＝IGSの対価）をまったく請求していなかったケースです。

グループ内で、経営・財務・業務・事務管理上の役務提供が行われ、それが子会社にとって経済的・商業的価値のあるもの（＝子会社が自前でやれば費用がかかるようなもの）であれば、原則として対価を請求しなければなりません。「グループ内だから無償で当然」という感覚は通用しないのです。

IGSとして対価回収の検討対象になる活動

では、具体的にどのような活動がIGSとして対価回収の検討対象になるのでしょうか。移転価格事務運営要領3-10(1)では、次のような「経営・財務・業務・事務管理上の活動」が例示されています。

No.	活動
イ	企画又は調整
ロ	予算の管理又は財務上の助言
ハ	会計、監査、税務又は法務
ニ	債権又は債務の管理又は処理
ホ	情報通信システムの運用、保守又は管理
ヘ	キャッシュ・フロー又は支払能力の管理
ト	資金の運用又は調達
チ	利子率又は外国為替レートに係るリスク管理
リ	製造、購買、販売、物流又はマーケティングに係る支援
ヌ	雇用、教育その他の従業員の管理に関する事務
ル	広告宣伝

これらの活動が、当該国外関連者にとって経済的・商業的価値を有する（＝子会社が自前で行えば費用がかかる、あるいは第三者なら対価を支払う）と認められる場合、対価回収の検討が必要になります。経理・営業事務・ITサポートなどはまさにこの典型で、「気づけば親会社がタダで肩代わりしていた」となりやすい領域です。

なお、上記に該当する活動であっても、①非関連者の役務提供や子会社が自ら行う活動と重複する活動、②親会社が専ら自らのために行う「株主活動」（株主総会の開催、株式の発行、有価証券報告書の作成等）は、国外関連者にとって経済的・商業的価値を有するものではないとされ、対価の回収は不要とされています。

「低付加価値IGS」なら総原価＋5％の簡便法が使える

なお、一定の要件を満たす「低付加価値IGS」については、役務提供にかかる総原価に5％のマークアップを乗せた金額を独立企業間価格として扱える、という簡易な算定方法（簡便法）が認められています。

低付加価値IGSに当たるには、おおむね次のような要件（5要件）をすべて満たす必要があります。

1. 役務提供が支援的な性質のもので、グループの中核的事業活動に直接関連しないこと
2. 無形資産を使用していないこと
3. 重要なリスクを負っていないこと（重要なリスクの発生に関連しないこと）
4. 研究開発・製造・販売・物流・マーケティング・金融活動などに該当しないこと
5. 同種の役務提供が非関連者との間で行われていないこと

経理業務や営業事務支援は、この低付加価値IGSに該当することが多いと考えられます。該当すれば、面倒なベンチマーク分析なしに「総原価＋5％」で対価を設定できるため、中小企業にとって使い勝手のよい方法です。

【対策】業務分担と役務提供の対価を整理する

関連会社間の業務分担を洗い出す。 営業・経理・製造・品質管理といった業務分野ごとに、親会社と子会社のどちらが実際に業務を担っているかを一覧化します。税務調査でも各関連会社における業務分担についてのヒアリングが行われます。

片方の会社が無償で提供してしまっている業務があれば、対価を請求する。 洗い出しの結果、「親会社がタダでやってあげている」業務が見つかったら、そこがまさに税務調査の指摘リスクです。低付加価値IGSに当たるものは「総原価＋5％」で整理していくとよいでしょう。

なお、IGSや技術指導料の対価を海外子会社から回収する際には、現地で源泉徴収が行われることがあります。国別の取り扱いは技術指導料・利息などに各国で課される源泉税の取り扱いで整理しています。

事例3：販売子会社への販売価格が安すぎる｜子会社の利益率が突出

日本親会社が製造した商品を海外の販売子会社に卸していたケースで、その子会社への販売価格が、他の（第三者の）取引先への販売価格よりも大幅に低い金額になっていました。結果として、海外の販売子会社の営業利益率が同業他社と比べて異常に高くなっており、「日本から海外へ所得が移転している」と指摘されました。

国外関連者との取引は、独立企業間価格で行う必要があります。子会社を支援したいという思いから販売価格を恣意的に安く設定することは、移転価格税制上は認められません。

しかし、単純な機能しか有していない海外子会社の利益率が明らかに高い数値になっている場合には、簡易TP調査でも指摘事項になっているケースもあります。

【対策】TNMM（取引単位営業利益法）による検証

独立企業間価格の算定方法はいくつかありますが、実務上もっとも多く採用されているのが「取引単位営業利益法（TNMM：Transactional Net Margin Method）」です。

TNMMをごく簡単に説明すると、検証対象となる会社（多くは機能の限定的な海外子会社）の営業利益率が、規模や機能の近い独立企業（比較対象企業）の利益率の範囲（レンジ）に収まっているかどうかで、取引価格の妥当性を判断する方法です。

個々の商品・取引ごとに利益率を検証するのは実務上困難なため、会社単位（または事業単位）の営業利益率で検証するのが一般的です。複数の事業を営んでいる場合には、国外関連者が関係する事業部分だけを抜き出した「切出し損益」を使って検証します。

では、営業利益率が「何％なら妥当か」はどう判断するのでしょうか。ここで使われるのが、規模や事業内容の近い同業他社の利益率です。日本の国税当局は、比較対象企業の選定にあたり「ORBIS（オービス）」という世界的な企業財務データベースを利用しているとされています。

移転価格を専門とする会計事務所も、同様のデータベースを導入しており、実はこのデータベースの利用料が高額であることも、専門ファームの報酬が高くなる一因になっています。

「営業利益率◯％なら大丈夫」という噂は危険

なお、実務の“噂”として「子会社の営業利益率は◯％くらいあれば大丈夫」といった話を耳にすることもありますが、業種・機能・リスクによって妥当な利益率は変わり、一律の基準はありません。

安易にこうした噂を鵜呑みにするのは危険です。そして繰り返しになりますが、ローカルファイルがなければ推定課税を受けるリスクがあります。

やはり、重要な取引については専門のファームにきちんと検証を依頼しておくのが安全です。

まとめ｜移転価格リスクは「海外子会社をつくるとき」に決まる

ここまでお読みいただき、「移転価格って思ったより身近で、しかも専門的だ」と感じていただけたのではないでしょうか。

移転価格税制の詳細な分析やローカルファイルの作成そのものは、非常に特殊な専門領域です。通常の税理士が日常的に経験する分野ではなく、Big4のような大手事務所では移転価格だけで独立した専門部署が設けられているほどです。

マロニエ会計事務所は一定の移転価格対応の経験があり、「どこにリスクが潜んでいて、いつ専門家に相談すべきか」という“勘所”を把握しています。だからこそ、

• 御社の取引を早い段階でチェックし、移転価格リスクの芽を見つける
• 適切なタイミングで、適切な専門家におつなぎする

ということが可能です。提携先にはBig4よりもリーズナブルに移転価格対応を行ってくれる事務所もありますので、コスト面でも中小企業に現実的なご提案ができるかと思います。

移転価格対策でもっとも重要なのは、新規に海外子会社を設立するときや、新しい商流が発生するときです。
このタイミングで、国際税務に詳しい顧問税理士か、スポットで専門ファームに取引条件を検証してもらうこと、これが後の大きな追徴課税を防ぐ最良の予防策です。

新しい商流を検討する段階では、移転価格とあわせて租税条約の確認も欠かせません。新規取引の前に租税条約を確認すべき理由でその考え方を解説しています。

最近よくお聞きするのが、「開業当初から関与してくれている地元の税理士が国際税務の経験に乏しく、会社が成長して海外進出まで進んだ結果、税理士側が対応しきれなくなってしまった」というパターンです。

マロニエ会計事務所は、Big4・大手製造業出身の公認会計士・税理士が代表を務め、海外進出企業の国際税務にも数多く関わってきました。「うちも移転価格、大丈夫かな？」と少しでも気になったら、まずはお気軽にご相談ください。栃木・宇都宮以外の企業様も、オンラインで全国対応しております。

貴社の海外展開を、税務リスクの面からしっかり支えます。

お気軽にお問い合わせください

マロニエ会計事務所では、「中小企業の移転価格税制」に関するご相談を積極的にお受けしております。貴社の状況に応じ、以下のような支援が可能です。

• 移転価格リスクの初期診断
  海外子会社との取引を洗い出し、対価の回収漏れや価格設定の根拠が弱い箇所など、指摘を受けやすいポイントを早い段階で洗い出します。
• グループ内役務提供（IGS）の整理
  親会社が無償で肩代わりしている業務を業務分担表として可視化し、低付加価値IGSの簡便法（総原価＋5％）による対価設定を支援します。
• 貸付金金利・取引価格の設定支援
  海外子会社への貸付金の利率や、商品の販売価格の設定根拠を整理し、税務調査で説明できる状態に整えます。
• 専門ファームへの橋渡し
  本格的なローカルファイルの作成が必要な場合に、貴社の規模と予算に合った移転価格の専門ファームをご紹介します。
• 海外進出・新商流の事前チェック
  海外子会社の設立時や新しい商流が生まれるタイミングで、取引条件を事前に検証し、後の追徴課税リスクを未然に防ぎます。

貴社の海外取引の規模や進出先に合わせ、最適な移転価格対応策をご提案します。

初回のご相談やお見積もりも無料で承っておりますので、ぜひお気軽にご連絡ください。

本記事で取り上げたような論点について、顧問契約スタイルでの継続的なご相談はもちろん、「この支払い、源泉徴収は必要ですか？」という個別のスポット相談も承っています。